Este imperio tenía cada una de sus estructuras bien marcadas, lo que de alguna manera facilitaba la organización, y establecía las autoridades y los límites, así como también las funciones de cada unos de los tres sectores mas importantes, es decir el estado, la iglesia, y el pueblo. Es importante no pasar por alto que el estado era el encargado de controlar a la iglesia, algo que era un caso único en la América latina de esa época.
La iglesia por su parte tenía los fines principales de incrementar las reservas alimenticias y la curación de los enfermos. En cuanto a las creencias hay que decir que el dios supremo para los Incas era Viracocha, quien según sus creencias, era el ser inmortal creador de todas las cosas, de la tierra y el universo. Sin embargo, este dios, no era su única veneración, ya que los Incas también adoraban al sol, el dios principal, a quien llamaban Inti. El sol era para ellos el protector de la dinastía real. De hecho era presentado como una persona humana de la cual salían rayos, y tenía un templo que se denominaba Coricancha.
Luego en escala jerárquica, al dios del sol, le seguía como mas importante el dios del trueno llamado Illapa. Además LOS Incas creían que el agua de lluvia era producto de una fuente celestial, mientras que la Luna a quien ellos denominaban Manaquila, era la esposa del sol. De igual manera el planeta Venus era considerado muy importante ya que cuidaba a los humanos, a la vez que el grupo de estrellas de las Pléyades protegía a las semillas. En tanto, la agricultura y la pesca estaban guiadas por la Pachamama y la Mamacocha, diosas de la tierra y el mar respectivamente.
Con respecto a la adoración a estos dioses, las ofrendas se colocaban en altares denominados huacas, los cuales se encontraban a la vera de los caminos, mientras que también existían lugares específicos para orar llamados apachetas.
